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逃出基斯莱夫，夺取秘密兵器！ 在D区，利柯的手下再次来找飞，请求飞帮忙救出利柯，好吧，如果顺路的话，我们会的。
当晚，飞和紫檀到达了望塔，跳上经过的火车顶，借此来到地下船坞。
进入地下船坞后，飞和紫檀避开守卫，利用通气管道进入货仓。借助木箱，二人跳入另一条通气管道，来到警备室取得万能钥匙（マスターキー）和机甲用的回复装置。
得到万能钥匙后的二人畅通无阻，终于到达机甲仓库。
另一方面，一条地龙正在攻击利柯，幸好飞驾驶机甲及时赶到，救助利柯，击倒了地龙。
被救的利柯并不领情，双方摩擦在即时，传来了战舰的轰鸣声，原来空中要塞索拉利斯想以装载了爆弹的战舰撞击地上的原子炉，一举肃清基斯莱夫。事不宜迟，飞驾驶机甲迎战，岂料又遇上了护航的艾莉小队
飞迎来了连续五场战斗。正当飞与敌方第四部机甲战斗时，终于觉悟了的利柯前来助战。
干掉敌人之后，艾莉又一次挡在飞的面前
不过，在飞晓之以情，动之以理的劝说下，看到陷入火海的城市，艾莉动摇了。
最终，出现在飞和利柯面前的是驾驶一艘巨大战舰的多米尼娅（ドミニア）。
击倒多米尼娅后，飞、利柯竭尽全力阻止战舰的下坠，艾莉也上来帮忙，但还是失败了。整个基斯莱夫，在大爆炸中化为乌有…
爆炸后艾莉被一部神秘的机甲救起。不久，飞就来接上艾莉回到C区，和紫檀一起等待哈玛带来的情报。哈玛来到后告诉他们可以利用王都所造的大型战舰离开这里。
在C区的出口，利柯加入了队伍。于是四人离开王都基斯莱夫，向北方的格利尔特工厂进发。
出来时会遇到彼格乔，他会透露给我们一些信息，此外，作为回报，他还会送我们一张原生大碟，可以在游戏的酒吧里播放，好吧
进入工厂后，沿着通道前进，不久便遇到了哈玛。给机甲作完补给，击退埋伏在房间里的敌人后，飞一行乘上电梯，经过输送带来到西边的房间。调查墙边的开关就可改变输送带的传送方向。经过输送带来到东边，再次改变输送方向，如此走到尽头，就会遇到守护这里的BOSS，弁野6号（への6号），三人合力将其击倒。
打倒守护机甲后，进入战舰内部。不久，紫檀便了解了战舰的开动方法，紫檀开动战舰向阿维进发。
航行途中，古拉夫驾驶机甲出现。飞、艾莉和利柯立即迎战，数回合激战后，紫檀利用风力吹走了古拉夫，哈玛接着将激光射向古拉夫的机甲，击败了他，全体队员终于平安返回。
正当飞与紫檀谈论古拉夫时，巴尔特的世界树二号向他们发起了攻击。
原来因为飞驾驶的战舰是属于巴尔特的宿敌基斯莱夫的，被巴尔特误认为敌人。中弹的战舰向世界树二号坠落下去，一行人失散了。
然后是一段剧情，反派古拉夫在指责拉姆萨斯和米安搞砸了，天帝也在神神叨叨的说些上古遗迹啥的
艾莉醒来后找到了飞，原来他们已在海上漂流了两日，现在只能依靠舰上的食物继续漂流，等待援救
他们在海上漂流时，看到了天空中的一个物体，艾莉告诉飞，那是和空中要塞索拉利斯一样的空中城市舍巴特。
而紫檀和利柯则落入了世界树二号，他们找到巴尔特，双方消除了误会。
漂流，星空下的大海 另一方面，艾莉和飞终于获救了，二人登上了海上都市塔姆兹。
物资搬运口里面有四个宝箱，三个不动的都好拿，仔细找路就行。会动的需要在经过头顶时跳起来撞它，得到云母。 到甲板上，走到卖饰物的人背后，调查一下那个冰柜…
玩牌，去和物资搬运口的小孩以及三层酒吧里的家伙比试，胜出后打败甲板箱子上的“大姐大”，可得到非常有用的机甲装备，封印攻击L1解除。
朋友再会 离开甲板，经过电梯来到4F的舰桥，遇到了热情的船长，他邀请飞共进午餐。
进餐之中，飞和艾莉看到水下正遭受袭击的世界树二号，于是二人驾驶机甲，飞向世界树二号，与紫檀和利柯会合。
潜入海底后，飞等人看到在水下对世界树二世发起攻击的是多米妮娅。多米尼娅指责艾莉背叛元素特种部队，并向艾莉发动了攻击。
在世界树二号的火力支援下，多米尼娅不得不退却，但却捉走了艾莉。
飞和巴尔特返回舰上，决定将世界树二号驶往塔姆兹。到达塔姆兹后，巴尔特与舰长成了朋友，二人到饭堂谈得很是投机。
与此同时，在特种部队的战舰上，多米妮娅正在指责艾莉叛国
但米安副官过来救了艾莉
不过她的真实目的其实是……
一群人正在饭局上吃的很HIGH（都把被抓的艾莉忘了吗？），这时候，有船员报告，艾莉出人意料的平安归来。
飞、巴尔特和舰长来到舰桥，果然看到疲惫不堪的艾莉。
回到世界树二号，世界树二号2号的船头可见到和美女约会的彼格乔，跟他玩牌胜出可得超强装备黑色大衣，攻和以太防各+10
艾莉独自一人返回世界树二号休息。当飞和巴尔特到世界树二号的医务室探望艾莉时，医务人员却说她早已离开了这里。
二人四处寻找她的行踪，终于在动力室找到了她。
艾莉正使动力涡轮超负荷运转，然后便到在地上。飞连忙赶上前去，正当巴尔特手足无措时，紫檀及时赶到，成功地排除了涡轮险情。至于艾莉，紫檀相信她是被人控制了。
拉姆萨斯司令的急袭 飞把艾莉带回医务室后，希格尔德进来说有机甲接近，艾莉要求一同作战。多米尼娅驾着机甲冲了过来，战斗随即展开。
打倒多米尼娅后，众人发现老对手拉姆萨斯正藏在海底准备偷袭，立即下去迎战
战斗中，拉姆萨斯使用特技，能够抵御任何攻击。当他的特技失效后，众人用必杀技群起而攻，终于击倒了他。
但拉姆萨斯向飞发动了最后一击，打得飞倒地不起。危急时刻，艾莉再次发出能量炮，击退了拉姆萨斯。(注：在出战之前，务必将所有机甲装备上防御电击的PARTS）
重伤后的飞一直昏迷不醒。塔姆兹的医师也束手无策。但向众人透露，能救飞的人只有艾东教会的司祭，但该去哪里找到艾东的祭司呢？
到甲板搜集情报，艾莉遇到了一个被小流氓欺负的女孩。
不久，来救她的人却用枪指向艾莉。幸亏紫檀赶来，向他解释了事情的经过。
原来这个人是捷西（ジエシー），他自称小女孩的父亲，巧的是，捷西刚好还有个大儿子，而他的大儿子正是艾东教会里的人。
于是众人返回世界树二号，离开了海上都市塔姆兹，向北方的艾东教会进发。
少年司祭 到达教会后，司祭比利早在这里等候了。
进入地下医疗室，开始对飞进行治疗，艾莉守在一旁看护。
而紫檀和巴尔特则在教会内四处打探情报，在这里可以了解到一些和巴别塔有关的情报，另外，比利和他的父亲捷西似乎关系不太融洽
治疗结束后，飞的身体已完全回复，只是意识还有待清醒。众人带飞回世界树二号后来到东南方的孤儿院道谢。这时希格尔德匆匆赶到，说雷达搜索到巨大战舰的踪迹，要全体人员回舰准备应战。
三本书支线 爬上餐室里的梯子，跟上面的小孩讲话，保证不透露他的藏身处，得到一本“有趣的画书”。
先检查比利房里的书架，再跟洗手间里的小孩讲话，得到“无聊的漫画”。
利柯在队中，进入洗手间旁的房间，跟看着窗外的小孩讲话，发生剧情，得到“教会的教义”。
拿齐三本书后去比利房间，把书放到书架上（比利要在队中）进入密室得到比利的超强武器B&JM686
艾莉等人到最北面的房间内调查书柜后，司祭比利会从自己房间内出来。
与此同时，斯通（ストーン）主教来到了孤儿院，他请司祭比利为教会的运输船驱除恶灵。
回到世界树二号的酒吧内，艾莉告诉众人有关恶灵的事，众人决定明天一同出发，协助比利驱除恶灵。 海中的孤儿院 当晚捷西回到孤儿院，比利又与他争吵起来。第二天，艾莉在酒吧找到比利，问起他父亲的事，比利讲述了过去…
比利年幼时，父亲捷西教给了他枪械的知识。一天，他父亲外出工作，却再也没有回来。当比利十二岁时，母亲又被恶灵所害，在斯通主教的救助下，他兄妹二人才长大成人，比利也在教会修炼成为司祭。而此时其父回来了，但他再无昔日的温柔，与从前判若两人，比利疑虑重重，也不再相信父亲。
死灵船的笑声 世界树二号起航到达东北方的幽灵船，可从队伍中任选二人出战。进入幽灵船，首先按下红色按钮，使视线清晰。在第二节船舱可找到解除门锁的按钮，沿路前进，并以DASH撞破红色的门，一直冲到控制室与一只怪物展开战斗。
击倒它后由控制室南边的出口离开，这时比利的身边又出现了巨大的怪物。与此同时，孤儿院的孩子们也将比利的机甲发射出来。
三人驾驶机甲与怪物展开激战，终于打倒了它。
信仰为火海烧尽 凯旋的战士们回到了世界树二号，比利需要前往教会总部报告。可是，当比利来到教会时却发现这里刚刚遭到了袭击。
在密室前，教宗也遇害了，临死前，他说出一句“这是神的制裁”后就断气了，到底是谁下的手？！
众人乘电梯进入密室，来到教会底层的资料管理室，在里面发现了一个惊人的事实。
教会是空中要塞索拉利斯建立的，用以控制地上人和资源的组织！而现在教会发现了超古代文明的遗迹，想藉此脱离索拉利斯，并统治地面。看来，这次暗杀计划是索拉利斯对教会的报复了，比利知道这一切真相后感到难以接受。
当他们刚离开资料管理室，就遇上了主教斯通，对话后得知，他的真实身份是索拉利斯派来的监视者，斯通将事实说出后，派暗杀部队阻击比利，自己乘机逃脱了。
远古的回音，海底遗迹 斯通乘机甲离开后，世界树二号上的比利一行发现一架空中战舰正在向塔姆兹攻击。
他们赶到塔姆兹后，发现袭击已经被打退了，还从舰长的口中得知了斯通去了古代遗迹，一行人便向北方的古代遗迹追过去。
进入古代遗迹后，乘电梯到达B2，然后在B4西边的房间解除B5的门锁后，便可来到B5的尽头，但是被一扇密码门挡住。这时艾莉又出现了神志不清的现象，莫名其妙的就解开了密码，这让众人为艾莉的身份感到迷惑。
进门一看，发现了一个漂浮在培养液中的少女。
大家正在猜测她的来历，斯通来了，“这是纳米机械的集合体，我要把她带给卡雷鲁连伦（カレルレン）大人”，言毕命令手下带走了那个少女，并让两名元素特种部队成员拦住我们。
于是我方就和斯通的手下特洛斯（トロス）和塞拉菲特（セラヮイータ）开战了。
与此同时，昏迷中的飞似乎和刚刚那个容器中的女孩发生了心灵感应，难道飞又要暴走了？
众人击退斯通的两个手下后，追着斯通到了出口。
这时传来奇怪的声音，“那是我的…把她还来…”，一个红发男子出现在斯通面前，他的背后，赫然是那架在王都夺还战中遇见过的红色机甲！这个红发男子自称伊多（イド），他驾驶着红色机甲向紫檀三人发动了攻击，声称要取回那人造生命体，斯通则趁机逃之夭夭。
红发伊多依然对众人纠缠不休，这时蒙面人Wiseman的机器人出现，一把抓住伊多，帮助众人逃走了。
击败伊多返回世界树二号后，发现飞居然莫名其妙的回复正常，站在机甲库里，嗯……
这时斯通驾驶他的巨型机甲主动过来挑战，飞也可以出战了。
而神秘的古拉夫再次出现，赋予了斯通的巨型机甲力量，现在，这个巨型机甲拥有了能够抵挡任何攻击的防护罩。
斯通见自己处于绝对优势，得意的说出了比利母亲之死的真相，他才是杀害比利母亲的真正凶手。
捷西这时赶到了，愤怒的比利和捷西双机合体（捷西变成了一个肩扛大炮，经典的一幕），击破了斯通的防护罩，从而打倒了他。比利和父亲捷西也言归于好了。
巴别塔，通天之道 战后众人回到世界树二号的酒吧内，为了探寻索拉利斯“M计画”的真相，众人决定去天空都市舍巴特（シェバト），而通往天空都市舍巴特的唯一途径，就是巴别塔（バベルタワー）。
那个叫卡雷鲁连的人再次在虚空中出现，似乎在计划着什么
此时可以去尼桑采购一番 痊愈的飞再次成为领队，进入巴别塔后，飞带领众人在1F一直向南行，利用绳索跳过障碍并沿电缆径直来到控制室。
调查后按下中央的按钮，便可进入控制室旁的列车内。
向上跳到上层，由楼梯到达列车控制室，再调查上方的开关便可使垂直列车上升了。
一处隧道上有一个箱子，需要在跷跷板往上弹回时从顶端跳过去，略有难度，里面是艾莉机甲的风属性武器，攻击不错 列车前进的途中，又遭到了拉姆萨斯和米安的攻击，但这家伙还是一样的菜。击退拉姆萨斯后，他的战舰又向巴别塔开火，然而从天而降的攻击迫使他们撤退了。飞一行人进入控制室解除了门锁的装置后，由升降台到达了塔顶。
三人站在塔顶上，望着一望无际的天空，这时舍巴特的守护者出现了，她不问飞来此的目的便大打出手，飞只得应战
取胜后空中城市舍巴特从天而降，并传来一个声音命令守护者立即住手。
众人来到舍巴特的最底层，了解到刚才的机甲驾驶者是玛莉亚（マリア），她就是居住在钟乳洞的老人巴尔的孙女。
索拉利斯的反派们还在为了阻止我们拿到舍巴特的一个什么遗物而计划着
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