开头动画 在浩瀚的银河中有一颗小小的行星，她的名字叫地球。在地球上有一种生物拥有征服宇宙的野心与能力，那就是人类。
20XX年肯尼亚图尔卡纳湖，考古学家所率领的挖掘队发现了创世之物，磁气物质Zohar（就是异度装甲中的Zohar，可以参考我们的异度装甲攻略）的遗迹，他们断然没有想到，这种沉睡在地底时间超过人类的物质会给以后迈向太空的人类造成多大的影响……
时间一晃就过去了4000年，也许是为了告诫人类踏上宇宙是一种错误，当人类即将征服宇宙前，灾难降临了……
KOS-MOS启动实验 在战舰沃克琳德woglinde上，一群工作人员正在启动一项实验，他们是“星团联邦”属下企业“维克塔Vector”的工作人员，这家企业从事食品，药品，各种软件，硬件，兵器及通讯等，几乎囊括与文化/文明相关物品的生产与流通，是联邦内最大的企业集团。内部分成许多部门，主要核心部门是第一至第三开发局。至于有关Vector的历史可追溯至星际联邦成立的时代。
研究人员们正在试验用最新技术制造的人造人“KOS-MOS”，就是躺在黑色棺材里的家伙。卯月紫苑（シオン ウヅキ）是维克塔公司开发部的主任，KOS-MOS是她与众多员工辛苦数年的成果，这次的试验由她来负责。
毫无疑问，卯月紫苑就是女主角，一个科学疯子，她明知道KOS-MOS是人造的，但又希望KOS-MOS具备人性，这很矛盾。好吧不要在意这些细节 KOS-MOS还没研发完成，所以不能启动，但紫苑可以与黑客帝国一样，戴上传输设备，就能和KOS-MOS在虚拟的电脑世界中见面了。
互致问候之后，KOS-MOS作了一番自我介绍，她是维克塔公司为了对抗格诺西斯而开发的人形兵器，编号是NO.000000001，简称KOS-MOS，目前的任务是参加对抗性演习
进入虚拟空间后，紫苑和KOS-MOS聊了一会和人类情感有关的话题，可惜KOS-MOS只是个机器人，无法理解 “所以KOS-MOS，当你能理解这些感情的时候，你要想想怎么去处理。好了，就聊到这吧，我们开始实战演习。”紫苑对着电脑外的开发部副主任阿伦（アレン）下达了虚拟作战开始的命令，难度从很危险的400级开始。
阿伦非常担心紫苑的安危，拒绝使用400级难度的虚拟战，但在任性的紫苑强烈要求下只得答应，“但是主任，万一有情况发生的话，我会强制切断精神联系的，你自己也一定要注意安全。”
这个叫阿伦的人显然非常关心紫苑，其他员工则在一边起哄，其实阿伦很早以前就开始暗恋年轻聪慧的主任紫苑了，这一点大家都知道，但他很懦弱，所以紫苑可以假装不知道。
“行了，别在那边唠叨了！都给我仔细观察情况，有任何细微的变化马上通知我，要是发生异常情况马上强制终止。记录员别忘了把战斗数据都记录下来。”
这是游戏的第一个战斗场景，战斗和迷宫都非常简单，玩家们只要注意拿取隐藏道具就可以了，而第一个BOSS更是轻松干掉。而后431级难度出现的敌人是靠声音来追踪的，只要玩家们按住R2键步行就不会被发现，哪怕是从敌人身边走过也没事。第二个BOSS也是打几下就死，很轻松。
在save点附近打倒“トレ—ムSPX”可以得到“ミッションキ—”，用来打开里面的房间，和boss“トレ—ムGX”战斗。可以使用A.G.W.S.
战斗结束后返回沃克琳德。这里可以再度挑战，当主角一个人再次进入エンセフェロン的时候，到原来打BOSS的地方会发现红色的盒子，打开后得到机器人对战游戏的进入执照“バトルパスポ—ト”，以后在带有EVS字样的记录点使用这个道具就可以打迷你游戏BATTLERING（“电脑战机”）了。
研究室内气氛很紧张，但还好一切都还算正常。在紫苑的要求下将难度增加为431级，而且这个级别KOS-MOS也很轻松的通过了。
最后紫苑要求把难度增加为标准级，也就是真实战斗难度！让KOS-MOS能力发挥为界限值22%的情况下进行实战，这样的要求阿伦当然不会同意，但是紫苑根本没把阿伦的话听进去，固执地开始了标准难度的实战！
注：格诺西斯（Gnosis/格诺西斯）是一种介于人类空间与异次原空间夹缝中的灵异生物，普通攻击对他们毫无用处。而KOS-MOS搭载了一种名为“ヒルベルト”的系统，那系统能放出特殊的能量波，使格诺西斯强制进入人类空间，这样就能对格诺西斯发动攻击，然而这系统还正在测试中。 实验难度增强后，虚拟空间出现了崩坏的现象，模拟演习强制终止，此时距离虚拟世界崩坏还剩10秒。
阿伦赶紧试图连接紫苑，但连接始终有问题，因为系统连结断开，KOS-MOS已经先回到了现实世界，然而紫苑还留在虚拟世界里，如果在虚拟世界中“死”了的话，那她在现实世界中就会成为一具只会呼吸的尸体。
在这最后关头，紫苑竟然看到了一个女孩在一片亮光中向她走来
正当紫苑为之疑惑时，阿伦终于取得了系统的控制权，把紫苑强制从虚拟世界中拉了出来……把紫苑救出来之后，阿伦一下子放松了，整个人都瘫了下去。紫苑原本还想问问那个小女孩的事，但终究是没有开口，因为估计别人也没见到过
这时飞船的广播又传来声音：“本舰队3分钟后将进入警戒状态，请所有的工作人员回到自己的岗位上去，我们即将进行亚空间跳跃。脱离宇宙时间为绝对基准时22日1300，7小时16分30秒后结束。”
画面一转来到舰桥。舰长和副长安德鲁（アンドリユー）正在交谈，在这次任务结束后，舰长就该退休了。
这次以战舰沃克琳德为首的巡航队的主要任务，是回收漂流在宇宙中的“事象变移机关Zohar”，就是开头动画里人类发现的那东西。可任务一开始就很不顺利，一名工作人员因为摸了一下Zohar便消失了，为这件事安德鲁还得写一份详细的调查报告，为此他一直心情不好，生怕这件事影响到他以后的发展。
在舰桥工作的一位通信员小姐也不知道说错了什么，被安德鲁一顿臭骂，还好舰长出来打圆场。舰桥上的大部分人员都在谈论回收的“那个东西”，对于“事象变移机关Zohar”的情报属于高等机密，连舰长都不是很清楚那东西是用来干什么的，只知道上面命令：“要不惜生命”。反正不管怎么说任务完成了，但称不上是“圆满”。
大部分在舰桥工作的人员都很空闲，因为接下来的事都由电脑来自动完成，于是谈笑间他们谈到了紫苑研究KOS-MOS的试验，舰长也对KOS-MOS那“东西”很感兴趣，他让紫苑在30分钟内到舰桥报告试验成果。
紫苑和躺在试验床中的KOS-MOS告别，前往舰长室。
看地图前往舰桥，此时可以在调整室可以进入模拟训练。和第一通路前的男子对话可以交换E-MAIL地址。路上经过紫苑自己的房间拿到“调整用デ—タ”，这里可以记录和休息。路上看守三重门的军人很有趣，先跟他对话再启动旁边的开关隔离门看看，会有不一般的发现
注意不要忘记回复电子邮件，否则后期拿不到部分装备，但是说实话，这些电子邮件太无聊了 当年NAMCO在发售这款游戏时，你可以真的给bunnie@namco.com发送邮件，然后会获得一个小兔子钥匙扣，但我说的那是2002年
紫苑路上经过仓库，发现那里的工头正在训斥新来的工作人员，看着那工头如此认真负责的态度，紫苑不自觉的想起了2年前，自己和男朋友一起工作的往事，她的男朋友凯曾经也是她的研发主任，现在的KOS-MOS就是她和男朋友一起努力的结果，只是很遗憾……
紫苑从回想中回到现实，看着回收的Zohar，突然一种奇怪的能量将紫苑的精神吸入Zohar中。
在Zohar的世界中，紫苑见到了一个身穿白衣，戴着十字架的女孩。紫苑想开口和她说话，但声音从嘴中发出后就消失于无形。少女转身进入了Zohar之中，而紫苑刚接触到Zohar就从幻想中回归了现实，她差点被防护栏撞倒而送命！工头看见后狠狠地训斥了紫苑一番。
紫苑一个人走在通道里想着刚才发生的事，这时阿伦追了上来，把紫苑刚才忘带走的数据盘送了过来。紫苑这时已经没有什么心思和阿伦聊天，随便找了个借口就走开了。等紫苑走了以后阿伦才想起来忘了一件重要的事，请紫苑一起吃饭。
紫苑回到自己的房间换了件衣服，拿了点东西后便向舰桥走去，途经人造合成人调养室的时候见到了老朋友卡斯帕（カスパー）。老熟人见面当然要聊上几句，原来卡斯帕的调职申请已经批下来了，这次行动结束后就要去维克塔公司第一开发局属下的エリート集团工作，去那儿工作一直是卡斯帕的心愿。之后卡斯帕请紫苑帮忙检测一下这儿的人造人，很多人造人都出现了抗拒反应，紫苑当然乐于帮忙。
在紫苑调试系统的时候舰内负责战斗的巴吉尔（バージル）中尉来到了调养室，他的右半脸在战斗时负伤，留下了难看的疤痕，对于他来说那疤痕就是英勇的标志。紫苑一看到巴吉尔心中就产生不快，但也只能面对
巴吉尔和紫苑探讨了一会人造合成人的人权问题，在巴吉尔看来，人造合成人都只是战争的工具而已，紫苑对此很反感，直到一个人造人过来说，他们是自愿的，然后巴吉尔痛苦的蹲了下去，有可能是战争后的应激创伤之类的吧。
紫苑趁此机会逃离，向舰桥跑去。 继续前进的路上被废弃物碎块挡住路，和旁边操纵钻头机械的男子对话后可以以迷你游戏“DRILLER”的方式来清楚障碍，完成后得到钻头游戏进入执照“ドリルパスポ—ト”和奖励品“アクアジストS”。
在红门边的スワガ曹长处得到“セグメントF”，这是个非常重要的道具，用来察看已经发现的隐藏房间和解除钥匙。在第四通路可以和士兵玩追人游戏“かけっこ”，玩3次可以得到3个“アクアジスト”（这是为了发生灵异体袭击事件后，如何有效躲避敌人而作练习，但小游戏本身比躲避灵体还难，感觉实在糟糕）。
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