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生命之泉（The Waters of Life）

当你到达铆钉城科学实验室时，詹姆斯说服了李博士，后者同意重启净水计划的研究。此后父亲与你的交谈中，他请你到净水计划所在地去，与他和其他科学家见面。在礼品店的门口，你父亲要求你将整个区域的敌人全部清除（如果在上一次你到这里的时候并没有这么做的话）。敌人全灭后，将父亲和其他科学家护送到圆顶大厅的净水计划控制室。

当你父亲到达那里时，他请求你进行一些例行维护的任务。就你正准备抽干进水管时，你看到了乘坐飞鸟型直升机到来的英克雷士兵，他们是敌对的。一路与穿着动力装甲的英克雷士兵战斗，且战且退，并回到你父亲那里。

当你到达圆顶大厅时，会发现李博士被锁在主区域之外，而詹妮丝·卡普林斯基、父亲詹姆斯、秋上校和2名英克雷士兵则被锁在里面。你将看到秋上校将詹妮丝杀死，以此胁迫詹姆斯交出净水计划的控制权，并帮助英克雷科学家启动它。父亲詹姆斯假装投降，并走向控制台，但他并没有遵守秋上校的命令，而是使用控制台将整个区域充满了辐射，牺牲自己的同时，杀死了英克雷士兵，并使得秋上校昏迷不醒。

现在，只有钢铁兄弟会可以对抗英克雷了，你必须帮助李博士和其他幸存的科学家从塔夫特隧道逃亡到钢铁兄弟会大本营。在路上杀掉更多的英克雷士兵和狂暴僵尸，最终你将会到达隧道的尽头，出来后的位置就在钢铁兄弟会大本营正前方。进入这座钢铁兄弟会的要塞，任务完成。

寻踪觅迹（Picking up the Trail）

欧林·莱昂斯长老目前是钢铁兄弟会的领袖，长老告诉你，去与可能知道伊甸园创造器下落的书记员罗斯切尔德交谈。与罗斯切尔德对话后，他会让你到大本营A区的一台老旧的避难所科技终端机去查询，得知87号避难所当中有这样一台设备。返回罗斯切尔德处，他有一个坏消息告诉你：这个避难所的大门处的辐射强度非常高，因此完全不可能进入。然而，他说还有另外一条路可以进入避难所。这就是经由小灯火镇山洞。

进入山洞后，你将会在小灯火镇的入口处被麦格雷迪市长所阻止，这个市长是个小孩，整个镇子里的人也全都是小孩。要得到进入的许可，你需要通过口才检定，或使用童心未泯特技，或做完拯救失落天堂（Rescue from Paradise）这一支线任务。

当你得到进入小灯火镇的许可后，有两条路可以进入87号避难所：

穿过谋杀小径: 你需要与麦格雷迪市长或公主交谈，才能打开通往谋杀小径的大门。杀死其中盘踞的超级变种人，最终你将可以到达避难所的入口。

打开后门: 麦格雷迪市长告诉你，在大房间中有一道不能打开的避难所门。这正是通向87号避难所的一道后门。当约瑟夫恢复了电力供应之后，破解一台终端即可进入避难所。

这两条路通向避难所的同一个区域。

拯救失落天堂（Rescue from Paradise）

如果你不能使用口才技能，或童心未泯特技说服麦格雷迪市长，无法进入小灯火镇，你就必须到失落天堂去，从当地的奴隶贩子手中救出三个小孩，Sammy、Squirrel和Penny，以得到麦格雷迪的信任，从而进入小灯火镇。

注意: 此任务并不是主线任务的一部分，但你可能需要完成它才能在主线任务中有所进展。

进入了87號避难所之后，發現裡面充滿著超級變種人，一路往上走，干掉挡路的超变。来到实验区，这里的种种情况向你揭示，这里才是变种人的起源地。继续前行，会听到一个友好的声音，来自一个有人类意识的变種人，也是未来的同伴之一福克斯。建议还是救了他，毕竟是个很强力的同伴，当然，变态的玩家也可以通过附近的电脑结束他的生命。沿着走廊进去，会看到一部电脑，破解后可以打开福克斯的门，好了，现在，你有了一个非常有安全感的队友，让他为你开路吧。

来到尽头一个房间，福克斯会告诉你，他去拿Geck，你在原地等。等他拿完给你之后，就可以离开避难所87了，但是刚下楼不久，就被一颗闪光弹炸晕了，失去意识之前，看见不久前跟老爹一起倒下的上校出现在主角面前。

好吧，这就是你努力的回报，你现在遭到了一群英克雷士兵的伏击，他们带走了你和刚刚拿到的G.E.C.K.。你被押送至乌鸦岩，英克雷在首都废土的主要基地。

美国梦（The American Dream）

先说一下废土上的总统。

约翰·亨利·伊登总统，事实上是个寄存在乌鸦岩军事基地里，超级电脑ZAX中的人工智能AI，在2277年的时候，它作为英克雷总统（更进一步的意义上，可以被认为是美利坚合众国总统）发挥着作用。

英克雷电台反复播放着伊登提前录好的讲话，它们刻意地模仿了美国前总统罗斯福炉边谈话的风格，使用了亲切而平易近人的语气，这些广播随着眼球机器人的踪迹，响彻了特区的废土。这些谈话的内容包括了许多方面，比如说伊登总统的童年（显然是编造的）以及他对当前许多事物的看法。

伊登总统认为废土上的许多人民对未来并不乐观，而对钢铁兄弟会，他则表现出近乎刻骨地憎恨，并宣称他们是一些使用着过时技术的叛军集团，只知道整天穿着老式的盔甲玩骑士游戏，他视五角大楼被兄弟会占领是奇耻大辱。而对于兄弟会遗弃者，他就更加地鄙夷，因为这些人在他看来比五角大楼里那个兄弟会还极端，还讨厌。

好了，继续主线任务。

再次睁开眼，你会发现自己被能量锁锁住，面对你的就是上校，他会要挟你，让你说出净水装置的密码（密码是216）。可说可不说，不影响剧情。选择不说，上校正准备对主角作出下一步行动时，却被总统支开了，总统还替你解了锁，而且还会提醒你，你的装备武器都在门旁的柜子里。

看来总统是个好人，不，好AI。

整理装备之后，出门会遇到一个脑残军官，吓他或者口才说服都可以过去，这时总统会通过广播告诉基地士兵，主角是他的客人。安全的一路前进，在转角上楼梯时，上校却对你下了格杀令，一路小心一些，这里蛮多武器装备捡。另外注意一下，上校的房间里面，桌子上会有能量武器大头娃娃，只有现在可以拿。而房间地上的鞋柜里，可以得到总统的超级管理员权限密码，一会对付总统的时候可以用上。从上校房间出去，对面的门后会有两个英克雷士兵，注意一下，一路前进来到总统办公室前。守卫机器人会帮你清理掉士兵，上楼梯来到总统那，这才发现总统是部电脑主机。

电脑主机，也就是伊登总统，会告诉你他的计划是通过使用 FEV 病毒的改良版本，来杀死居住在荒原上的任何变异或受辐射生物，从而“清除”首都荒原上的突变和疾病。接下总统给你的FEV病毒之后，可以选择毁灭总统，口才或者刚才拿到的超级管理员权限密码都可以派上用场。

出了身后的门之后，就是逃离乌鸦岩（Raven Rock）基地了。如果你让伊甸园自毁了，机器人就会帮你, ，嫌他们打仗打的慢，还可以放只死亡爪出来帮忙，但是自己要小心。如果你不这样做（并且拒绝将 FEV 放入净化器中），你就得与安全机器人和士兵同时作战。到外面之后，你就会看到一大群英克雷飞鸟离开基地。如果伊甸园的自毁被激活，基地就会爆炸，隧道会被岩石堵塞；再没有办法回到里面。出了大门之后，会看到福克斯拿着激光机枪在扫射英克雷残党，过去对话，道德好的话，他会义无反顾地加入你。道德坏，他则会在历史博物馆等你变好，这时可以转身欣赏身后的爆破，一切都结束后，就赶回兄弟会总部向长老报告吧。

返回城堡，在那里参加里昂长老、书记员罗斯柴尔德和里昂的会议。

把一切收回（Take it Back!）

来到兄弟会实验室，发现长老和Sarah正在争执，是否应该出动自由金刚，长老问你情况，主角告诉他，Geck也被英克雷夺走了。注意下，这里可以把总统拿得到的病毒交给长老，加道德。另外，也可以告诉长老避难所87是超级变种人的起源点，也可以得到道德加成。

当你从乌鸦岩回来后，钢铁兄弟会决定必须从英克雷夺回杰斐逊纪念堂。目前，G.E.C.K.已落入对手手中，所以情况紧急，长老决定出动自由金刚，这个自由金刚是美帝于战前制造的，原本是打算对付天朝的巨型机器人。幸运的是，书记员罗斯柴尔德和李博士及时成功地重新激活了自由金刚。追随它的脚步，里昂和你将袭击杰斐逊纪念堂，希望重新获得对净水计划的控制权。这时Sarah跟你说话，可以选择拿一套动力装甲或者轻甲，然后回答是否准备好出发。准备好了就出发吧，这是主线最后一个任务了。

跟着大部队出发，只要跟在巨型机器人后面，就没问题了，路上只是简单地捡捡武器，装甲等。来到杰佛逊纪念馆，里面有不少英克雷士兵，幸好Sarah是无敌的，配合她的火力清场之后，来到净水装置操作室。冤家路窄，上校和两个英克雷士兵守在这里，这里玩家可以用口才劝说上校离开，也可以爆了他的头，替老爹报仇。

甜蜜的胜利！ 哦不，还没完……李博士告诉你，纯净计划在袭击中受到了伤害，需要立即启动，否则就会爆炸。不幸的是，控制室里被主角的父亲注满了辐射气体，无论谁进去，显然都无法生存。

可是必须有人进去操作净水工程的电脑，如果只是原版游戏，自然是主角义无反顾的进去，牺牲了自己。

不过，如果你有资料片断钢，情况又会有所不同。

现在是游戏的最后一步，玩家可以自己进去，输密码（216:主角母親最喜歡的聖經章節:啟示錄21:6）也可以叫Sarah或者特定队友（Rl-3，福克斯，Charon）进去输入密码。画面一白，随着发动机轰隆的声音，干净的水源再次从纪念馆外围的排水管排出……

没有断钢资料片：你可以逃跑，牺牲自己，或者让莎拉·里昂斯进去激活它。如果您自己进入，并且仍然持有AI总统给你的病毒FEV，您还可以选择是否要在激活之前注入病毒。

如果你有《断钢》：你就放心的进去吧，你不会被辐射弄死的，当然，如果你有一个防辐射同伴（卡戎、福克斯或中士RL-3），你也可以说服他/它进去并激活净化器。

不管怎样，你现在可以看到结局了。

注意：除非您安装了附加组件《断钢》，否则游戏将在完成此任务后立即结束。如果有断钢的话，你将在两周后，在城堡中醒来。

注意：插入修改后的FEV病毒实际上根本不会改变环境。在断钢任务中，唯一改变的是，三狗会提到钢铁兄弟会的失败。废土上，没有人因病毒的释放而死亡。